Сюжет отличается от последовательности событий, что были в манге
Главную опасность для Конохи на данный момент представляли не столько другие деревни, сколько Орочимару и Акатсуки. Делами этих двух "заноз" занимались абсолютно все ответственные органы в Деревне Скрытого Листа, и это не могло обойти Данзо стороной. Заручившись поддержкой старейшин в лице Митокаду Хомуры и Утатане Кохару, Руководитель Анбу Не выдвигает теорию о том, как можно остановить "поставку" детей с потенциалом в холодное логово Орочимару. Теперь "Корень" преследует цели уменьшить вероятность попадания к Змеиному Саннину пользователей с Кеккей Генкаем, дабы не было последователей преступнику, ушедшему из своей деревни, Учихе Саске. Это не является единственной стороной медали, которая представляется при таком раскладе Данзо: он прекрасно понимает, что Орочимару связан с Конохой прошлым, поэтому Змея должно только раззадорить, и Шимура наконец сможет добраться до самого Кабуто с целью узнать обо всех экспериментах Орочимару.
Тем не менее, принцесса Тсунаде понятия не имеет о планах Данзо по поводу так активно развивающегося в Конохе Улучшенного генома, но до ее ушей доходит информация о том, что действия Руководителя "Корня" Анбу увеличили свой размах. Теперь с одной стороны Хокаге находится неугомонный Данзо, активно стремящиеся занять позиции Каге Конохи, с другой - Акатсуки - слишком больная и глубокая заноза, угрожающая всему миру шиноби. Надеется Тсунаде осталось только на ответственных и преданных лиц, поэтому как никогда разведывательные миссии представителей Анбу и Джирайи были важны.
Однако внутренние дела внутренними, но у некоторых стран продолжают возникать вопросы по поводу предателя Орочимару и одного из членов Акатсуки - Учихи Итачи. Желание узнать что-то большее о планах опасных врагов не угасает и у Конохи, но это не отменяет факта появления представителей Скрытых Деревень в развивающейся Конохе.
И для Деревни Песка не является загадкой тот факт, что организация Акатсуки охотится за Биджу, что скрыты в телах Джинчуурики. И теперь тогда, когда Гаара становится Казекаге, одни видят ориентир, чтобы лучше контролировать его, другие - тем самым защитить свою Деревню, и именно в их числе оказывается и сам Гаара. Не секрет для информированных лиц, что в любой момент в Сунагакуре но Сато может нагрянуть организация Акатсуки, чтобы забрать свою цель, но никто даже и не может подумать, что вражеская группа в составе двух человек сможет напасть на целую Деревню, состоящую в составе Великих Деревень Шиноби. Тем не менее, Суна не желает бездействовать, поэтому охрана границ становится как никогда крепче, увеличивается масштаб разведывательного отряда. Темари, джоунин Деревни Песка, теперь выполняет еще одно не менее важное задание: помимо того, что она решает дела с экзаменом чуунина, ее обязанностью является поддерживать связь с Каге Конохи и, пользуясь узами союза, добывать ту информацию об Акатсуки, что известна Деревне Листвы.
После того, как в ряды Каге вступила прекрасная Теруми Мэй, позиции Деревни Тумана укрепились. Киригакуре но Сато, признанная своими деяниями и известная, как Деревня Кровавого Тумана, ведет более мирную политику, считая прошлое лишь прошлым. Все знаменитые мечники этого Селения уже погибли, исключая лишь молодого Чоджуро. Слухи о том, что организация Акатсуки начала свои первые шаги в Киригакуре но Сато не могли не привлечь другие Деревни. Кири становится одной из тех Селений, куда законно и незаконно проникают шиноби из других стран с целью собрать хоть крупицу нужной информации. Но даже тогда, когда знаменитые кланы Тумана закончили свое существование, история одной из Великих Деревень не заканчивается, и одна из сильнейших представительниц селения, Каге Теруми Мэй, успешно развивает и редактирует настоящее, чтобы в будущем столь безбожные способы тренировки шиноби устрашали врагов, но остались лишь в истории.
Продолжая до сих пор собирать военную мощь, Кумогакуре становится очередной подозрительной Деревней. Лишившись одной шиноби и по совместительству Джинчуурики, свое неистовство Райкаге решает выказать организации Акатсуки и на всем том, что с ними как-то связано. Теперь Деревня Облака прекрасно понимает, кого стоит защищать - последнего оставшегося в Стране Молнии Биджу, однако делиться с кем-либо информацией Кумогакуре но Сато и не собирается, что вполне в ее репертуаре. И все зависит от действия Райкаге.
Принадлежавшие когда-то Биджу Ивакакуре теперь захвачены организацией Акатсуки. Зная лишь трех представителей этой организации, Тсучикаге не может оставаться безучастным, поэтому посылает разведчиков в две небезызвестные деревни - Коноха и Кири, бывшие представители которых были Учиха Итачи и Хошигаки Кисаме. Дейдара становится одной из самых первых мишеней этой Деревни, так как простить такое предательство Ооноки не имеет права.
Орочимару вместе со своими помощниками и подопытными не прекращает стремиться к новым знаниям. Как бы это не было похвально, но его цели противоречат целям многих других Деревень, поэтому в Змеиное Логово вот-вот могут нагрянуть неприятели. Но Саннин не так прост, и все это знают. Он продолжает обучать техникам Учиху Саске, явственно подозревая, что тот добровольно не отдаст свое тело для дзюцу Орочимару. Юный мститель уверен, что остались считанные дни до того момента, когда он сможет уничтожить Змея и отправиться на поиски Учихи Итачи.
Небезызвестная организация готовится нанести удар по деревням с целью захвата хвостатых демонов. Каждый из Акатсуки преследует определенную цель, каждый из них верен своим идеалам, но и каждый предоставляет огромную угрозу для Скрытых Деревень. Мало кому до сих пор известны планы Лидера Акатсуки, как и численный их состав. До сих пор никто не смог разведать имена участников Красной Луны, поэтому все знания, что касаются данной организации очень ценны.
